In Deutschland besteht eine Meldepflicht für MAP beim Rind in den Fällen, in denen ein Erregernachweis geführt werden konnte. Im Schnitt werden jährlich ca. 350 Fälle gemeldet. Der Antikörpernachweis zieht keine Meldepflicht nach sich.

Die Tierärztekammer Niedersachsen hat in enger Zusammenarbeit mit Vertretern aus Veterinärbehörden, tierärztlichen Praxen, Landwirtschaft und Wirtschaft einen eigenen „Leitfaden Biosicherheit in Rinderbetrieben“ mit einem Anhang zur Paratuberkulosebekämpfung erarbeitet. Dieser Leitfaden Paratuberkulose ist relativ kurz und übersichtlich und gilt als Basis für den MAP-Verminderungsplan, der eine wichtige Rolle im neuen niedersächsischen Paratuberkulose-Verminderungsprogramm spielt (siehe unten).

Derzeit gibt es in Deutschland keine flächendeckende MAP-Bekämpfung. Das Bundesministerium für Ernährung und Landwirtschaft hat Empfehlungen für hygienische Anforderungen an das Halten von Wiederkäuern an das Halten von Wiederkäuern formuliert. Hierbei gibt es einen speziellen Teil mit Maßnahmen zum Schutz gegen MAP in Rinderhaltungen. Die Empfehlungen haben als Ziel, auf die Notwendigkeit von Hygienemaßnahmen hinzuweisen und das Bewusstsein für die Risiken einer Verschleppung von Tierseuchen zu schärfen. Es werden verschiedene Stufen in der MAP-Bekämpfung festgelegt, wobei es das Ziel ist, ein „Paratuberkulose-unverdächtiger Bestand“ zu werden. Einzelne Bundesländer haben Bekämpfungsprogramme ins Leben gerufen, die sich in verschiedenem Maße an den Empfehlungen orientieren. Die meisten Programme kombinieren ein Herdenscreening mit der Untersuchung von Umgebungsproben gefolgt von Einzeltieruntersuchungen in unterschiedlichen Testsystemen und Untersuchungsfrequenzen.

Auch vom Friedrich-Loeffler-Institut gibt es einen Paratuberkulose-Ratgeber mit einer Checkliste, mit deren Hilfe die Tierhalterin bzw. der Tierhalter zusammen mit seiner Hoftierärztin bzw. seinem Hoftierarzt den Hygienestatus ihres bzw. seines Betriebs feststellen kann.